Once años después del estreno de "Hana y Alice", Shunji Iwai decidió recuperar a los personajes para contar una nueva historia sobre ellas, aunque con un pequeño e inesperado giro de guión: esta nueva historia no sería una secuela de la primera película, si no que sería una precuela, y además, se rodaría en animación rotoscópica. Por supuesto, para las voces de las dos protagonistas volvió a contar con las actrices originales Yu Aoi y Anne Suzuki.Tras la separación de sus padres, Alice se muda con su madre a un nuevo pueblo donde tendrá que empezar de cero en el colegio. Al serle asignado el asiento de un antiguo alumno llamado "Yuda", del que se dice fue asesinado el año anterior, los demás alumnos empiezan a meterse con ella y ningunearla. Para descubrir el misterio detrás de la desaparición de "Yuda" tendrá que preguntar a la única persona que sabe qué le ocurrió: una chica que vive encerrada en su casa, cuyo nombre es Hana.